Jan wordt in 1342 bisschop van Utrecht. Deze benoeming is te danken aan graaf Willem IV van Holland.
Zijn voorganger had het Sticht achtergelaten als een protectoraat van Holland en het bewind van Jan van Arkel was erop gericht zich aan de voogdij van zijn voormalige Hollandse beschermers te onttrekken. Hij bleek hierin zeer succesvol en wist bovendien financieel orde op zaken te stellen. Hij werd bij zijn optreden gesteund door de stad Utrecht, die begreep dat zonder een sterk landsheerlijk gezag de positie van verschillende edellieden te sterk werd, met het optreden van roofridders en vrijbuiters als gevolg. De stad besloot zich onafhankelijk op te stellen tegenover Holland en sloot in 1344 een verbond met de bisschop.
Jan van Arkel, die zich in 1343 in Grenoble had gevestigd om de kosten van een hofhouding uit te sparen, werd door zijn broer en plaatsvervanger Robert van Arkel in 1345 teruggeroepen toen graaf Willem besloten had Utrecht aan te pakken en op 8 juni met een grote troepenmacht de stad belegerde. Na acht weken belegering stemde Utrecht in met een bestand, waarbij ze de positie van de graaf moesten erkennen. Deze sneuvelde echter twee maanden later, waarop in Holland de partijstrijd tussen Hoeken en Kabeljauwen losbarstte. Ook in Gelre ontstond rond deze tijd een dergelijke partijstrijd, zodat ook daar de aandacht voor het sticht afnam.
De positie van het Sticht werd hierdoor weer sterker en maakte nieuwe acties tegen Holland mogelijk. Met steun van de stad werden in 1346 Hollandse steunpunten als Eemnes en IJsselstein aangevallen en in 1348 raakte hij slaags met Holland en Gelre. Al deze acties kostten echter meer dan Jan kon betalen, en daardoor kwam hij nu in de problemen. Zo moest hij Frederik van Eese, die hem had geholpen de Zutphense baanderheer Gijsbrecht van Bronkhorst te verslaan, het hele Oversticht, op Vollenhove na, in pand geven. Het volgende jaar werden ook Vollenhove en het Nedersticht verpand. Bovendien kwam er een mandaat van de paus om beslag te leggen op Jans tafelgoederen, om daarmee achterstallige servitiën te voldoen.
Jan trok zich weer terug in Grenoble, maar in 1351 keerde hij terug en wist in de volgende jaren zijn positie te herwinnen en zijn gezag in het bisdom te herstellen. Hij trad nogmaals op tegen lastige kasteelheren en roofridders, waarbij verschillende strategisch gelegen kastelen in Utrechtse handen kwamen. Binnen de stad werd stabiliteit geschapen door de verbanning van de Hollandsgezinde partij van de Gunterlingen. Na een laatste campagne tegen Holland in 1355-1356 werd voorlopig vrede getekend: het Nedersticht was onder de curatele van de graaf uitgekomen en de roofridders waren aangepakt.
Het Sticht stond er nu beter voor dan in tijden het geval geweest was. Het gevolg is wel dat de stad steeds meer macht had verworven in ruil voor financiële steun aan de militaire operaties. Zij begon nu een meer zelfstandige koers te varen.
In 1364 werd Jan van Arkel door paus Urbanus V overgeplaatst naar Luik. Door de macht van de gilden kon hij daar zijn macht minder laten gelden dan in Utrecht, al wist hij in 1366 het graafschap Loon definitief bij het prinsbisdom in te lijven. In 1373 werd hij gedwongen het Tribunaal der XXII op te richten. Dat was een rechtbank met soeverein beslissingsrecht, ter verdediging van iedere Luikse onderdaan tegen het onrechtmatig optreden van de bisschoppelijke ambtenaren.
Uit: Wikipedia
Bisschop Jan van Arkel figureerd ook in de roman "de Roos van Dekema" van Jacob van Lennep. De karakterschets van Jan van Arkel in deze roman komt niet overeen met de bekende historische gegevens over hem.
