Het huwelijk van Margaretha en Roland II is ontbonden omdat hij lepra had.
Na de dood van haar kinderloze broer Filips werd Margaretha in 1191 erfgename van Vlaanderen, zodat zij en Boudewijn (als Boudewijn VIII van Vlaanderen) samen gravin en graaf van Vlaanderen werden, echter voor korte tijd, omdat zij reeds in 1194 overleed, waarna haar echtgenoot afstand deed van Vlaanderen ten voordele van hun zoon Boudewijn (IX).
Ze is begraven in de Sint-Donaaskathedraal te Brugge.
