Henri heeft medicijnen gestudeerd in Leiden en zich daar bij Jelgersma gespecialiseerd als zenuwarts. Voor de eerste wereldoorlog heeft hij in diverse psychiatrische inrichtingen gewerkt en na die oorlog werd hij arts bij de Willem Arntsz Stichting in Utrecht. In die tijd was de psychiatrie nog een onderdeel van de neurologie. Hij pleitte als een der eersten voor de psychiatrie als zelfstandige wetenschap. Hij geldt als de grondlegger van de forensische psychiatrie in Nederland. Eind jaren twintig schreef hij de driedelige serie Psychiatrie: een handleiding voor juristen en maatschappelijk werkers. Begin 1943 is hij, samen met andere leden van de medische staf van de Willem Arntsz Stichting, een maand gevangen gehouden door de Duitsers omdat zij weigerden informatie te geven over hun joodse patiënten. In 1955 wordt de naar hem vernoemde dr Henri van der Hoeven kliniek voor de behandeling van psychisch gestoorde delinquenten geopend als onderdeel van de Willem Arntsz Stichting.
